1月15日至16日，三九醫(yī)藥股份有限公司經(jīng)營工作會議在深圳召開。會議明確：2009年，上市公司將大力推進和落實五項戰(zhàn)略舉措和八項具體工作，從“基礎(chǔ)管理年”轉(zhuǎn)向“成本效益年”。

 
1月下旬，三九醫(yī)藥PDMP（業(yè)績及發(fā)展管理流程）項目啟動會在深圳召開。三九醫(yī)藥是華潤醫(yī)藥“領(lǐng)導(dǎo)力發(fā)展項目”試點單位，也是華潤集團首家實施PDMP項目的企業(yè)。

2月11日，國家食品藥品監(jiān)督管理局副局長吳湞，紀(jì)檢組長李東海率調(diào)研組，到三九醫(yī)藥股份有限公司考察。

2月11日至14日，新加坡中醫(yī)師代表團一行30人來到深圳，參觀訪問三九醫(yī)藥。

3月13日至15日，三九醫(yī)藥2009年度經(jīng)理人年會在深圳召開。會議以上市公司戰(zhàn)略規(guī)劃為導(dǎo)向,提出了2009年的管理目標(biāo),以及五項戰(zhàn)略舉措和八項具體工作。14家下屬企業(yè)負責(zé)人分別與公司簽訂了2009年經(jīng)營責(zé)任書。

3月17日,三九醫(yī)藥與廣大投資者相聚在深圳喜來登酒店會議廳。在這次以“機遇.變革.成長”為主題的見面會上，三九醫(yī)藥高管向與會基金經(jīng)理、證券分析師等投資者介紹公司2008年度業(yè)績，并就公司未來發(fā)展、醫(yī)藥企業(yè)如何應(yīng)對新醫(yī)改帶來的機遇和挑戰(zhàn)等話題，進行了面對面交流和探討。

4月7日，中國工程院院士、天津中醫(yī)藥大學(xué)校長張伯禮一行，來到三九醫(yī)藥股份有限公司深圳總部，就“壯骨關(guān)節(jié)丸”安全性研究及二次開發(fā)等工作與公司研發(fā)事業(yè)部研究人員進行了研討。

6月底，經(jīng)過廣東省食品藥品監(jiān)督管理局現(xiàn)場檢查，三九醫(yī)藥工業(yè)園全自動化運行的高架立體倉庫獲得GSP資質(zhì)，在深圳市三九醫(yī)藥貿(mào)易有限公司經(jīng)營許可證中，將添加新倉庫地址，這標(biāo)志著三九醫(yī)藥工業(yè)園已納入完善的GMP、GSP管理體系，上市公司生產(chǎn)管理、物流管理邁上了新的發(fā)展平臺。

6月下旬，三九醫(yī)藥（000999）榮登2008年度中國上市公司“金牛百強”和“價值百強”榜。自7月1日起，三九醫(yī)藥（000999）調(diào)入滬深300指數(shù)，同時入選滬深300相對成長指數(shù)、滬深300相對價值指數(shù)、滬深300醫(yī)藥衛(wèi)生指數(shù)以及中證中盤200指數(shù)。此前，三九醫(yī)藥（000999）已入選深圳證券交易所100成份指數(shù)。這充分說明三九醫(yī)藥上市公司受到資本市場的高度認可。

6月25日，同濟大學(xué)裴鋼校長帶領(lǐng)“中醫(yī)大師傳承人才”班專家共13人來到深圳，參觀訪問三九醫(yī)藥股份有限公司總部。

7月20日，首屆中國最具競爭力醫(yī)藥上市公司20強及最具投資價值醫(yī)藥上市公司10強在北京揭曉，三九醫(yī)藥股份有限公司（000999）在20強榜中位列第四。此次評選活動由中國醫(yī)藥企業(yè)管理協(xié)會、《醫(yī)藥經(jīng)理人》聯(lián)合主辦。

8月18日，衛(wèi)生部、國家發(fā)改委等九部委正式頒布《國家基本藥物目錄》，三九醫(yī)藥股份有限公司共有68個品種進入《國家基本藥物目錄》，其中三九胃泰顆粒和正天丸（膠囊）兩個獨家中藥品種進入《國家基本藥物目錄》。

8月25日，三九醫(yī)藥股份有限公司“單味中藥濃縮顆粒劑技術(shù)改造”項目，獲得深圳市貿(mào)易工業(yè)局下發(fā)的“項目竣工驗收結(jié)果通知書”。單味中藥濃縮顆粒劑技術(shù)改造”項目，于 2002年被列入國家第三批重點技改造項目之列，并在當(dāng)年獲得國家2037萬元人民幣的專項資金補助。

10月25日華潤集團總經(jīng)理喬世波等視察了江西三九藥業(yè)有限公司，重點了解該公司并購項目工作進展情況。

11月10日，三九醫(yī)藥發(fā)布公告稱：董事會決議公司名稱由“三九醫(yī)藥股份有限公司”變更為“華潤三九醫(yī)藥股份有限公司”，將“華潤”字號植入公司名稱，有利于借助華潤集團在國內(nèi)市場的影響力和醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)資源促進公司業(yè)務(wù)成長。